在超凈工作臺的使用過程中，需要通風(fēng)。隨著風(fēng)機(jī)的轉(zhuǎn)動，風(fēng)通過高效過濾膜（無）進(jìn)入，使操作臺保持在無菌狀態(tài)。同時記得要開啟紫外，這樣可以確保遺漏的菌體被消殺。半小時后關(guān)閉紫外，保持風(fēng)機(jī)開啟狀態(tài)進(jìn)行操作。超凈工作臺的功能是提供相對無菌的環(huán)境，其設(shè)計和實用原理有兩種，一種是頂部或側(cè)面無菌空氣過濾裝置，內(nèi)部有幾層無菌空氣過濾器，吹出來的風(fēng)是相對無菌的空氣。由無菌空氣過濾裝置吹出的無菌空氣確保了超凈工作臺的內(nèi)部在操作過程中是相對無菌的。

　　超凈工作臺的原理是，在某一的空間中，室內(nèi)空氣先通過預(yù)過濾器初步過濾，再由小型離心風(fēng)機(jī)壓入靜壓箱，然后通過空氣高效過濾器完成二次過濾，此時，從空氣高效過濾器出風(fēng)面吹出的潔凈氣流具有均勻的斷面風(fēng)速，可以將工作區(qū)域中的原始空氣排除，并去除灰塵顆粒和生物顆粒，從而形成高度清潔和無菌的工作環(huán)境。空氣被過濾器過濾以達(dá)到無菌狀態(tài)，并被輸送到操作空間以便在操作空間中形成相對正壓。如果不打開風(fēng)機(jī)，就不會有無菌的空氣輸送，操作空間也就無法達(dá)到無菌效果。

　　然而，紫外線燈照射主要是在開始操作之前的準(zhǔn)備工作，或是對要使用的設(shè)備和器械的表面進(jìn)行消毒的方法，紫外線照射的滅菌效果基本上可以忽略不計。通常，在實驗過程中不會同時打開風(fēng)機(jī)和紫外線燈。只需先打開紫外線燈照射一段時間后，關(guān)閉紫外線燈，打開風(fēng)扇機(jī)吹半小時左右，然后再開始實驗。在實驗過程中，風(fēng)機(jī)應(yīng)一直保持開啟狀態(tài)。

　　打開風(fēng)機(jī)的目的是在操作臺內(nèi)形成正壓，以防止周圍空間的空氣隨氣流進(jìn)入操作臺。因為空氣中可能含有從而影響實驗結(jié)果，因此須打開風(fēng)機(jī)。風(fēng)機(jī)的風(fēng)用于凈化空氣，凈化后的氣流可以防止人員污染操作對象。

　　超凈工作臺的風(fēng)是向外吹的，主要作用是防止空氣中的進(jìn)入。如果超凈工作臺的玻璃已經(jīng)關(guān)閉了，則無需打開風(fēng)機(jī)。